Roman Atheis mengetengahkan perkembangan yang khas bagi masyarakat Indonesia sejak permulaan abad kedua puluh, yakni pergeseran gaya hidup tradisional ke gaya hidup modern. Pergeseran itu membawa serta perselisihan dan bentrokan antara paham-paham lama dan baru, terjadi khususnya di lapangan sosial budaya dan politik. Perkembangan di dalam masyarakat tidak luput meninggalkan perngaruh pada pengalaman batin manusia. Keresahan batin di tengah-tengah bergeloranya pertentangan paham di zaman penjajahan Belanda dan Jepang menjadi pokok perhatian roman ini.